通常は下記３菌種の検査を推奨します。

1. 一般生菌数
2. 大腸菌群または大腸菌
3. 黄色ブドウ球菌
   
   その他に食肉などはサルモネラ菌属を、
   魚介類は腸炎ビブリオを推奨検査項目に追加することをお勧めします。　

一般生菌数
一般生菌数は食品および製造環境の微生物汚染の程度を示す汚染指標菌です。生菌数が多い場合は、食品の細菌汚染状況を示す役割となり、食品の安全性、保存性、衛生的取り扱いの良否など品質の総合評価するために用いられます。

大腸菌群
大腸菌群はグラム陰性、無芽胞桿菌で、乳糖を分解して酸とガスを産生する好気性または通性嫌気性の細菌群です。加熱処理された食品から大腸菌群が検出された場合には、不完全な加熱処理や加熱後の二次汚染などが考えられます。また、未加熱食品から菌量が多く検出された場合には不潔な取り扱いを受けたことが推測され、腸管系病原菌の汚染を受けた可能性があり、清潔かつ安全な食品ではないことを示します。

大腸菌（E.coli）
大腸菌群の中には糞便と直接関係しない菌種も含まれています。大腸菌群の中で44.5℃で発育し乳糖を分解しガスを産生する細菌群を糞便系大腸菌群と呼び、食品衛生法ではE.coliと表現します。大腸菌が検出された食品は、大腸菌群よりも一層不潔な取り扱いを受けたことが推測され、腸管系病原菌の汚染の可能性が高いと考えられています。

黄色ブドウ球菌
ヒトの手指、鼻前庭などに常在し、自然界に広く分布しています。食品に付着した黄色ブドウ球菌が増殖し、産生された毒素（エンテロトキシン）により食中毒を起こします。
特に手指にけが、傷などの化膿疾患がある方から食品へ汚染する恐れがあるので、食品は素手で扱わないよう汚染経路を断つことが必要です。そのため食品の種類には関係なく、全ての食品を対象に安全性を確認するために用いられます。

サルモネラ属菌
牛、豚、鶏などの家畜や家禽をはじめ、鳥類、爬虫類、両生類などが保菌し、自然界に広く分布しています。食肉、卵、およびこれらの加工製品での食中毒の主な原因菌としてあげられます。これらの食品の安全性を確認するために用いられます。

腸炎ビブリオ
腸炎ビブリオは、海水に生息する菌で好塩性細菌です。魚介類や海産物が汚染され検出されることがあります。食中毒の病原菌であることから上記の食品の安全性を確認するために用いられます。